Έχει ως σκοπό του τη διατήρηση των αντικειμένων των συλλογών στο χρόνο μέσω της αναστολής των διεργασιών φθοράς. Στελεχώνεται από εξειδικευμένους επιστήμονες πανεπιστημιακής εκπαίδευσης και εφαρμόζει σύγχρονες επιστημονικές μεθόδους και κατάλληλα υλικά σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα συντήρησης.
Το τμήμα αναλαμβάνει μεταξύ άλλων έργα ζωγραφικής, γλυπτικής, κεραμικής, μεταλλοτεχνίας, ξύλινα έπιπλα, εξαρτήματα ενδυμασιών, βιβλία, χαρτώο υλικό και φωτογραφίες. Είναι πλήρως εξοπλισμένο με σύγχρονα μηχανήματα συντήρησης.
Οι εργασίες συντήρησης είναι διαφορετικές κατά περίπτωση και υλικό και γενικά αφορούν:
- στην τεκμηρίωση της κατάστασης διατήρησης των αντικειμένων με μακροσκοπική ή μικροσκοπική παρατήρηση, φυσικοχημικές αναλύσεις και φωτογράφιση στο ορατό και υπεριώδες φάσμα με σκοπό τη διάγνωση των φθοροποιών παραγόντων.
- στην επέμβαση συντήρησης με εγκεκριμένα υλικά και μεθόδους.
- στην αποκατάσταση της αρχικής μορφής των αντικειμένων με διακριτό τρόπο, στο βαθμό που αυτό είναι δυνατό χωρίς την επιβάρυνση του πρωτότυπου υλικού.
- στην τεκμηρίωση των εργασιών με φωτογραφικό υλικό και αναλυτικά δελτία συντήρησης ή αναφορές κατάστασης.
Για εργασίες συντήρησης και φυσικοχημικές αναλύσεις, το τμήμα συντήρησης έχει συνεργαστεί με πολλά άλλα εργαστήρια και ακαδημαϊκούς φορείς όπως το ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος, το ΙΓΜΕ, το ΕΚΠΑ, το ΠαΔΑ, το Μουσείο Ακρόπολης και άλλα.
Επιπροσθέτως το τμήμα συντήρησης είναι υπεύθυνο για την ανάρτηση και στήριξη των αντικειμένων των συλλογών στη μόνιμη έκθεση και στις περιοδικές εκθέσεις εντός ή εκτός των τειχών του ΕΙΜ.
Τέλος ασχολείται με την προληπτική συντήρηση των συλλογών, μελετά, προτείνει και εφαρμόζει κατά περίπτωση προληπτικά μέτρα για τη σταθεροποίηση των περιβαλλοντικών συνθηκών με σκοπό την ασφαλή φύλαξη των αντικειμένων τόσο στους αποθηκευτικούς χώρους, όσο και κατά τη μεταφορά και έκθεσή τους σε περιοδικές εκθέσεις. Για το σκοπό αυτό συμμετέχει στο τριετές Ευρωπαϊκό πρόγραμμα Collection Care (Horizon 2020) μια διεπιστημονική κοινοπραξία με 18 εταίρους από 9 χώρες που χρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή.