Οι χώροι του ισογείου της οικίας παρουσιάζονται όπως περίπου είχαν παραδοθεί από τους τελευταίους ιδιοκτήτες και δωρητές, αφού προστέθηκαν επιλεκτικά ιστορικά αντικείμενα από τις συλλογές του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου, ώστε να αποκτήσει ο χώρος μουσειακό χαρακτήρα.
Όπως στα περισσότερα αρχοντόσπιτα του νησιού, η επίπλωση ήταν φερμένη από Ανατολή και Δύση, αρμονικά συνταιριασμένη με ντόπια στοιχεία. Σήμερα, νησιώτικοι καναπέδες και μεντέρια τοποθετημένα δίπλα σε ευρωπαϊκές κονσόλες και βιτρίνες, ξύλινες κασέλες και δίφυλλες ντουλάπες, μαγκάλια και χαλκώματα, χρυσοποίκιλτοι καθρέφτες, αγγλικά και ιταλικά σερβίτσια, ναυτικά ενθύμια, χαρακτικά του Αγώνα της Ανεξαρτησίας, καθώς και οικογενειακά ζωγραφικά και φωτογραφικά πορτραίτα συνθέτουν ένα ιδιόμορφο αλλά ιδιαίτερα γοητευτικό σύνολο.
Στον προθάλαμο τον επισκέπτη υποδέχεται η ολόσωμη ελαιογραφία του Λαζάρου Κουντουριώτη που δεσπόζει στο χώρο, έργο του Υδραίου ζωγράφου Ανδρέα Κριεζή (1866). Ιδιαίτερη θέση στον ίδιο χώρο κατέχουν η επιβλητική φλωρεντινή ξύλινη πολυθρόνα του Λαζάρου Κουντουριώτη, η τιμητική σπάθη του, ο Μεγαλόσταυρος του Σωτήρος που του απονεμήθηκε από τον βασιλέα Όθωνα για τη συμβολή του στον Αγώνα της Ανεξαρτησίας, καθώς και ένα χάλκινο μαγκάλι με την εγχάρακτη επιγραφή ΑΝΑΓΝΩΣΤΗ ΚΟΥΝΤΟΥΡΙΩΤΗ 1801, που ανήκε στον πατέρα του.
Μία εξαίρετης τέχνης καρβουνογραφία φιλοτεχνημένη εκ του φυσικού, η οποία εικονίζει τον Λάζαρο Κουντουριώτη και φέρει την υπογραφή του, κοσμεί το γραφείο των τελευταίων απογόνων της οικογένειας Κουντουριώτη. Ανάμεσα στα άλλα οικογενειακά κειμήλια ξεχωρίζουν, στο δωμάτιο με το τζάκι, ναυτικά όπλα της οικογένειας Κουντουριώτη από την εποχή της Επανάστασης του 1821, το χάλκινο τάσι με τα αρχικά της Μαρίας Βούλγαρη (κόρης του Λαζάρου Κουντουριώτη) και οι φερμένες με τα καράβια της οικογένειας στα προεπαναστατικά χρόνια γαλλικές καρέκλες με ζωγραφικές παραστάσεις στη ράχη, στην τραπεζαρία η ροτόντα με τα τέσσερα δερμάτινα καθίσματα που φέρουν το μονόγραμμα L C, στο σαλόνι ο υδραίικος καναπές και το μικρό γυναικείο γραφείο με τις οικογενειακές φωτογραφίες, στον ανατολικό τοίχο του σπιτιού το εικονοστάσι με τις λατρευτικές εικόνες (19ου αι.) και τα γαμήλια στέφανα της οικογένειας.
