Η τρίτη ενότητα της έκθεσης παρουσιάζει τον ρόλο του ναυτικού στην Επανάσταση.

Αρχικά γίνεται αναφορά στους ισχυρούς ναυτότοπους, που διέθεταν σημαντικό εμπορικό στόλο, στην ένταξή τους στον Αγώνα και στη μετατροπή του στόλου τους σε πολεμικό, και ο τρόπος συμμετοχής τους στις επιχειρήσεις.
Παρουσιάζονται οι τύποι των πλοίων της εποχής, η σύνθεση του ελληνικού και του οθωμανικού στόλου και οι διαφορές τους, και η προσπάθεια για τη δημιουργία ενός εθνικού στόλου από την ελληνική διοίκηση.
Αναλύεται η τακτική των Ελλήνων ναυμάχων με ιδιαίτερη έμφαση στη χρήση των πυρπολικών, όπλο που έκρινε τις θαλάσσιες αναμετρήσεις κατά τα πρώτα χρόνια του Αγώνα. Επίσης ο ρόλος του ναυτικού στον αποκλεισμό των πολιορκούμενων κάστρων, στην παρεμπόδιση του οθωμανικού στόλου να προσεγγίσει την επαναστατημένη επικράτεια και στον ανεφοδιασμό των πολιορκούμενων Ελλήνων. Ιδιαίτερη αναφορά γίνεται και στις απώλειες σημαντικών νησιών όπως των Ψαρών και της Κάσου.

Παρουσιάζονται, τέλος, στιγμές από τη ζωή στο πλοίο μέσα από σημαντικά κειμήλια και τεκμήρια: ομοίωμα ναυτικής σημαίας, ακρόπρωρο, ναυτικά όπλα και όργανα, σηματολόγια, ρούχα και αντικείμενα ναυτικών.